A diferencia de otras Reuniones Internacionales, la CBI posee un Comité Científico interno, que opera muy bien. El nivel de investigación es excelente. Sin embargo, es frecuente que las propuestas del Comité Científico no sean tratadas con igual seriedad en las sesiones plenariasde la Reunión Anual, donde los Comisionados de cada una de las naciones partes, participan motivados por intereses adicionales al conocimiento formal.

La CBI, no posee forma de imponer sus resoluciones. El Artículo 5 (3) permite que cualquier miembro objete cualquier decisión. Un ejemplo, es Japón quién ha violado los acuerdos de la CBI todos los años mediante su programa de caza de ballenas JARPA y JARPN II. Otro es Noruega que ha expresamente declarado objetar la moratoria (por tanto, violarla en base su derecho a objeción y cazando ballenas comercialmente).

El Artículo 5(3), hace inefectiva la Comisión, pero su eliminación según algunos, sólo ocasionaría el retiro de los países cazadores, careciendo entonces del poco control de la CBI y quedando sólo sujetos a tratados internacionales que no sólo comparten la corrupción producida por la compraventa de votos, sino además, carecen de un comité científico serio capaz de identificar los problemas.