A pesar de las objeciones de otros miembros de la CBI, Japón lanzó un programa de investigación de ballenas a largo plazo sobre en la Antártica en 1987. Este programa de investigación conocido como programa JARPA (Japan Research Program in Antarctica), planeaba continuar sus actividades hasta el año 2005/6. En respuesta a la oposición internacional al programa, el primer ministro Japonés Yasuhirio Nakasome ordenó a la Secretaría de Pesca "reconsiderar su plan de llevar a cabo la investigación ballenera en la Antártica... y reducir el numero de ballenas que planea cazar" (The Japan Times, 27 April 87). Sin embargo, en 2005, Japón informa un significativo aumento de su cacería.

Magnitud de la caza "científica"
Actualmente, las ballenas minke (Balaenoptera acutorostrata) son el objetivo de los barcos de investigación Japonesa. Desde que se inició el programa, un mínimo de 241 ballenas minke han sido cazadas anualmente. Más de 5000 ballenas minke han sido cazadas por Japón. Adicionalmente Japón también ha realizado caza ballenera en el Pacifico Norte desde 1994, donde también ha cazado ballenas minke. A pesar de la moratoria, Japón ha matado ilegalmente hasta 600 ballenas cada año y este número sigue aumentando.

Además de la cuota anual auto impuesta de 540 ballenas minke, en Mayo de 2000 Japón propuso agregar 50 ballenas de Bryde y 10 cachalotes como parte del Programa Japonés Científico en la Antártica.
Durante la 54ª Reunión de la CBI, Japón presentó su plan de caza para el año 2002, en el cual nuevamente se auto designa cuotas de caza, y las aumenta respecto al año anterior. La nómina propuesta fue:

150 Minkes (Balaenoptera acutorostrata)
50 Ballenas de Bryde (Balaenoptera edeni)
50 Ballenas Sei (Balaenoptera borealis) - incluída por primera vez.
10 Cachalotes (Physeter macrocephalus)

En 2005, japón informó de su intención de aumentar el número de ballenas que caza en la antártica cada año en:
440 a 850 Minkes (Balaenoptera bonaerensis) anuales;
50 Ballenas Jorobadas (Megaptera novaeangliae) cada año, hasta 2011 - incluída por primera vez;
50 Ballenas de Aleta (Balaenoptera physalus) cada año, hasta 2011 - incluída por primera vez.

Programa Ballenero Científico de Japón - JARPA
Año	Antártica	Pacífico Norte
	Minke	Minke	Cachalote	De Bryde
1987		304	200	317
1988	241	0	0	0
1989	330	0	0	0
1990	327	0	0	0
1991	288	0	0	0
1992	330	0	0	0
1993	330	0	0	0
1994	330	21	0	0
1995	440	100	0	0
1996	440	77	0	0
1997	438	100	0	0
1998	389	100	0	1*
1999	439	100	0	0
2000	(440)	40	5	43

* Se informó que esta ballena fue cazada por error

En total, desde que inició su "programa científico" en 1988, ha matado más de 6.200 ballenas. Japón, Noruega e Isalandia, cazan anualmente casi 1500 ballenas, pese a la prohibición inpuesta democráticamente por la Comisión Ballenera Internacional - CBI, y los Santuarios Balleneros.

Objetivos Variables de la Caza Científica
Desde que fue iniciado, Japón ha cambiado repetidamente los objetivos del programa científico ballenero JARPA. El objetivo original concernía la estimación de parámetros biológicos para el manejo de la población de ballenas minke (Balaenoptera acutorostrata)y la elucidación del rol de las ballenas minke y cachalotes (Physeter macrocephalus) en el ecosistema marino. La proposición de cachalotes fue abandonada.
En 1995/6 un nuevo objetivo fue introducido: investigar los efectos del cambio ambiental en cetáceos. Además, la investigación se expandió a áreas adyacentes y mas de 100 animales por sobre la cuota fueron cazados anualmente. En esa época Japón declaró al Comité Científico que esto sólo se realizaría por un año, sin embargo estas cuotas extras se han mantenido en el tiempo.
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Comisión Ballenera Internacional y programa JARPA
La CBI ha entregado numerosas resoluciones criticando la caza científica Japonesa, sin ningún efecto aparente. Las críticas declaran que la caza científica no es necesaria para realizar programas de manejo y la preocupación por la caza de ballenas dentro del Santuario Ballenero Austral continua.

La siguiente resolución, de 1997, es un ejemplo:

"La Comisión AFIRMA que el programa JARPA no entrega importantes resultados científicos sobre el manejo ballenero en los mares del sur.
REAFIRMA que los gobiernos debieran abstenerse de otorgar permisos especiales para la toma de ballenas dentro del Santuario Ballenero Austral.
REITERA SU MAYOR preocupación que Japón continúe su programa científico cazando ballenas dentro del Santuario Ballenero Austral.
PIDE FIRMEMENTE que el gobierno de Japón, en el ejercicio de sus derechos soberanos, se abstenga de otorgar mas permisos especiales de caza en el SBA.
INSTRUYE al comité científico a no considerar las ballenas minke del hemisferio sur dentro del contexto de implementación de la RMP, de no ser aconsejado contrariamente por la Comisión".

En esa misma reunión otra Resolución fue entregada, reiterando la petición al gobierno de Japón para que "reconsidere y reestructure su programa científico, de manera que los objetivos científicos sean logrados a través de técnicas no letales".

Estas resoluciones han sido entregadas en repetidas ocasiones, pero Japón continua con el programa científico, un hecho que la comisión "lamenta" en la Resolución de 1998. En esa misma Resolución la CBI agrega "las graves preocupaciones de eminentes miembros de la comunidad científica internacional acerca de la continuación de programas letales de investigación de ballenas" y cita una carta enviada por eminentes científicos donde se sostiene que:

"Temas éticos y morales se levantan cuando un solo programa de investigación resulta en la matanza de mas de 2.500 cetáceos durante un periodo de 8 años, con la proyección de otros ocho años mas por venir; y cuando carne de ballena y otros productos de ballena derivados de la caza científica ballenera están siendo vendidos en supermercados, aun cuando existe una moratoria en vigencia que prohíbe su comercialización".

Este hecho moral fue resaltado por el delegado de Nueva Zelanda en la CBI de 1998:

"El año pasado dije que la llamada caza científica ballenera, que hasta ese momento había matado a cerca de 3000 ballenas ...no era aceptable. Luego de 440 ballenas muertas durante este año, reanudo mi comentario. No hay necesidad de matar ballenas para estudiarlas. Existen métodos adecuados no letales...los científicos nunca son guiados por la ciencia solamente...tenemos leyes que dictan y regulan nuestro trabajo y comportamiento. En resumen...debemos guiarnos también por una ética moral..." (1998 CBI Verbatim record).
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Posibles objetivos de los países cazadores
Japón no ha escuchado las criticas de la comunidad internacional. Por el contrario, no sólo caza más de 500 ballenas minke (Balaenoptera acutorostrata) cada año, sino que más de 400 suelen serlo dentro del Santuario Ballenero Austral y en 2005 informó su intención de aumentarlo a 850. Además ha extendido la caza científica en el Pacifico Norte, incluyendo ballenas Bryde (Balaenoptera edeni)y cachalotes (Physeter machrocephalus). Una de las razones de Japón para justificar la caza científica es que las ballenas compiten con el hombre por alimento y por lo tanto tienen un efecto negativo en la pesca comercial. Sin embargo, una reciente publicación entregada por el gobierno de EE.UU. concluyó que "la caza de ballenas no aumentará la pesca de peces debido a la complejidad de las interacciones del ecosistema".

De hecho, Japón ha intentado convencer al Comité Científico para que apruebe el programa ballenero científico en el Pacifico Norte argumentando que si el comité acuerda que los objetivos científicos Japoneses "han sido adecuadamente cumplidos" (y por lo tanto sugiriendo una aprobación implícita del programa científico), Japón "podría dar por concluido el programa" (Journal of Cetacean Research and Management, Vol 1 Supplement April 1999, p.46).
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